chemcraft入门教程 互动答疑 Chem-craft

来自 : info.b2b168.com/s168-1161913.. 发布时间：2021-03-25

Chemcraft对于ADF用户
Chemcraft读取ADF输出文件、ASCII TAPE21文件和ASCII TAPE41文件。目前，ADF输出文件的可视化不如GAMESS或Gaussian文件的可视化那样全面：提供了能量的提取、偶极矩的可视化和一些原子性质，但没有分子轨道可视化等。


与其他格式一起工作
除了Gamess-US, Gaussian 和ADF文件，Chemcraft可以读取NWChem、Jaguar、Oraca、Dalton、GAMESE-UK、Turbomole、MMOPRO和QChem输出文件、HyperChem文件、MSI或PDB格式的文件（这些格式未被全面支持）和MolDraw and Priroda程序格式、NBO格式（.31-.40文件）、Molden文件、MFJ、SDF和Tinker、Crystal文件、VASP和Shellx文件、晶体学CIF文件和简单的文本文件与原子的Cartesian坐标。Chemcraft提供了一个通过剪贴板导入/导出文本格式的原子坐标的接口，这有助于使用任何类型的计算数据。将原子坐标导出到剪贴板中对于快速创建输入文件也是有用的。Chemcraft包含一个分数坐标转换的功能，用于晶体学测量和Cartesian，反之亦然，用于单元参数（a,b,c等）。


构建分子
Chencraft支持一组用于构造分子结构的工具，这些工具可用于准备计算或其他目的的初始猜测：
Ÿ 从标准分子片段（自由基等）中构建分子，提供了通过自定义剪贴板来补充该片段集并通过剪贴板复制/粘贴单个片段的可能性；
Ÿ 修改分子中的任何几何参数（距离、角度、二面角）。该修饰可以伴随着一个原子、两个原子或选定的原子群的位移；
Ÿ 用鼠标在分子图像上拖曳原子或碎片或旋转碎片的可能性（图5）；
Ÿ 应用任意几何参数集合的迭代算法（图6）；
Ÿ 一种易于使用的实用程序，用于将点群应用于分子（图8）。

“拖曳”原子或沿键旋转碎片的例子
当“拖动”原子或执行其他结构修改时，任何几何参数都可以控制在图像上（见图5）。Chemcraft的界面允许人们轻松地改变任何原子的类型或插入/移除一个键。Chemcraft提供了快速获取Z矩阵的实用工具。Z矩阵是通过点击分子中的原子并一些附加信息来建立的（图7）。在使用这个工具之前，首先应该在Cartesian坐标中获得分子的结构。所有用于构建分子的上述工具都可用于此目的。


应用一组的几何参数

Z矩阵的可视化构造
Chemcraft可以调节分子中的原子坐标以应用特定的对称性（图8）。这个工具在研究中非常有用，因为对称分子比非对称分子计算得更快。


Chemcraft supports an interface for quick creation of sections of GAMESS-US input files with non-standard basis sets (fig. 4). The basis sets are extracted from their descriptions, which can be obtained at PNNL\'s webpage /forms/basisform.html). They can be also supplemented with additional gaussians specified by the user.
分子绘制的可能性
Chemcraft生成高质量的32位分子图像。它被设计成一个用于创建发布就绪图像的程序，不需要任何额外的修改。图片可以很容易地在原子/键和附加对象，如标签和线条。Chemcraft包含一个标准显示方案的集合。每个方案代表一组定义分子外观的参数：照明参数、单个原子和键的颜色和大小等。图10说明了四种集合方案。Chemcraft允许用户更改单个方案的参数，或者将自己的方案添加到集合中。Chemcraft的图形引擎不需要任何图形加速或额外的图形库。被很好的优化并提供，并提供高渲染速度，即使在过时的电脑。
Chemcraft提供了输出文件以结构化的形式呈现。被读取的文件被分成单独的元素，例如单独的几何形状或振动模式。对于每个元素，从文件中提取所有可用数据：原子坐标、能量梯度等。所有元素都呈现在分层列表中（图1）。单击列表中的元素自动显示图像上的单独几何或模式，并允许显示不同的属性。该接口提供了计算数据的可靠可视化，包括非标准类型的计算、不完整的计算等。它还允许具有多个计算任务的复杂文件被可视化。对于能量扫描或IRC计算，通过扫描/IRC步骤将所有几何结构分成组。除了图形的数据表示之外，Chemcraft概述了输出文件的基本部分，并为文件的每个元素显示了一个简短的“摘要”。


Chemcraft从Gamess-US输出文件中提取分子轨道系数和基组信息，以等密度面的形式呈现分子轨道或由密度值着色的表面（平面、球体）（参加图3）。Chemcraft提供用轨道执行操作的一些可能性（例如将一个轨道乘以另一个轨道）。创建轨道的公式取自GAMESS-US分发的PLTROB程序的源代码。用密度值计算立方体能被很好地优化。注意，如果文件中有多个分子轨道系数表，Chemcraft可以提取它们中的每一个并允许它们被渲染（例如，在MCSCF计算中，可以显示规范或自然轨道）。除了轨道的可视化，Chemcraft还提供了一个简单实用的工具，用于自动确定原子轨道形成每个分子轨道，这对分析轨道很有用。

Chemcraft对于Gamess用户
Chemcraft给Gamess-US输出文件提供了非常详细的可视化。文件中的下列数据可以以图形方式呈现：
 原子坐标（对应于所有或对称一的原子，如果在文件中呈现对应的表）；
 如果文件中给出了键阶分析，文件中的结合物显示在图像上（否则通过距离算法计算结合物）；
 能量梯度可以以指针的形式显示（图2）；
 不同的原子属性可以以标签的形式显示：Mulliken种群和电荷、自旋密度、价态；
 键序（以标签的形式显示在结合物上）；
 分子轨道可视为等值面或彩色平面；
 振动模式可以动画或以指针的形式（位移矢量）显示；
 偶极矩可视为指针；
 MO能量可以以数字形式显示。


The main capabilities of the program include:
- Rendering 3-dimensional pictures of molecules by atomic coordinates with the possibility to examine or modify any geometrical parameter in the molecule (distance, angle);
- Visualization of Gamess, Gaussian, NWChem, ADF, Molpro, Dalton, Jaguar, Orca, QChem output files: representation of individual geometries from files (optimized structure, geometry at each optimization step, etc.), animation of vibrational modes, graphical representation of gradient (forces on nuclei), visualization of molecular orbitals in form of isosurfaces or colored planes, visualization of vibrational or electronic (e.g., TDDFT) spectra, possibility to show SCF convergence graphs, and some other features;

Chemcraft对于ADF用户
Chemcraft读取ADF输出文件、ASCII TAPE21文件和ASCII TAPE41文件。目前，ADF输出文件的可视化不如GAMESS或Gaussian文件的可视化那样全面：提供了能量的提取、偶极矩的可视化和一些原子性质，但没有分子轨道可视化等。
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