ChemCraft 1.8 下载安装和key激活教程-闪电下载吧

来自 : www.sdbeta.com/article/2018/05 发布时间：2021-03-25

输出文件可以通过 文件/打开 菜单项打开。当一个文件被读取时，它被分成数据浏览器（左边的分层列表）中显示的单独元素：单独的几何图形，振动模式和其他。通过点击列表中的节点，可以查看文件中的各个几何图形和振动。这些元素有五种视图模式：图像（分子图片），摘要（元素的一些概要），源文件（输出文件的文本），坐标（分子中原子的笛卡尔坐标），图像/腹肌。（与图片和摘要分割模式）。图像模式是主要的。按钮和复选框位于左侧面板上，点击列表中的项目时，可以显示原子和其他原子属性，职业和键能（箭头 显示原子属性 ， 显示键属性 ），偶极矩（复选框 显示偶极矩 ），具有IR，拉曼或电子光谱或势能面（按钮 视图谱 ， 视图扫描图 ）的图形，显示振动模式或力的方向（复选框 显示位移矢量 用于振动， 显示力 用于各个几何图形）等。 如果输出文件包含来自总体分析（Mulliken或NBO）的原子之间的键，则Chemcraft将这些键呈现在分子图像上，否则使用距离算法自动识别键。如果为列表中的单个元素启用了 显示结合属性 复选框，则这是证明从该文件中为该几何结构读取了结合键。对于高斯计算，必须在输出文件中为输出文件中要打印的债券指定POP（NBO）。在GAMESS-US日志文件中，通常会打印债券;默认情况下，只有债券订单不低于0.25的债券才会显示在图像中（该值可在 工具/首选项/游戏 中更改）。 界面基础知识： 处理分子图像（图像模式）时，可以使用这些操作： 左键单击选择/取消选择原子。 右键点击取消选择所有原子。 右键单击+拖动旋转分子。 按住Ctrl+右键单击并拖动X-Y方向的翻译分子。 Shift+Ctrl+右键单击+拖动Z方向的平移分子。 双击左键单击更改原子/键的类型，标题就可以了。 双击右键单击更改原子/键的样式（大小，颜色等）。 也可以使用主窗口右侧工具栏上的按钮和键Num1-Num9旋转/翻译分子。可以改变分子旋转的点，按下按钮（见界面注释）。用Num1-Num9按Shift键可缓慢旋转/翻译分子。 处理分子结构 要检查几何参数（距离，角度，二面角）的值，应该通过左键单击选择2,3或4个相应的原子：该值将显示在底部的文本框中。为了选择新原子，必须首先通过右键单击来取消旧原子的选择。按钮 显示 （在文本框的右侧）显示分子图像中当前参数的值。通过在文本框中输入新值并按下 设置 按钮，可以更改选定的几何参数。如果按下该按钮，则只有最后选择的原子的坐标将改变;如果按下按钮，则第一个和最后一个选定的原子将对称移动。与选定的原子键合的其他原子将与它们一起移动;如果这是不可取的，则应手动删除键或通过选择原子对并按Ctrl+B添加新键。有关此类几何修饰的更多详细信息，请参阅构建分子。 Coord模式允许用户输入或输出文本格式的原子坐标（以埃或Bohrs）。切换到此模式时，坐标文本根据当前分子进行刷新;当从这种模式切换到另一种模式时，文本会刷新分子（如果文本已经发生变化）。输入文本的格式非常自由（例如，可以输入具有高斯原子坐标或GAMESS-US输出文件的部分）。复制和粘贴按钮可用于将文本快速复制到剪贴板或从剪贴板复制到文本框中。按Paste两次自动切换到图像模式。按 Showsequence 或 Angstroms/Bohrs ，文本会自动刷新当前分子，因此按下这些控制键可以恢复意外损坏或替换的文本。 编辑/拖动原子 菜单项或按钮允许使用鼠标移动分子图像中的原子。当拖动一个原子时，可以用键Num2/Num8（同时按下鼠标左键）在Z方向上移动它（与视图平行）。按钮在 拖动原子 ， 拖动片段 和 拖动分子 模式之间切换，后两种模式允许拖动和旋转多个原子组（详情请参阅构建分子）。当拖动一组原子时，按钮Num1-Num9旋转它或沿Z方向移动它。 Chemcraft根据任意一组几何参数提供了一种用于构建分子几何的迭代算法。 工具/控制台编辑器 （Tools/Consoleeditor）菜单项打开一个窗口，您可以在其中输入文本格式所需的几何参数值。 菜单项 编辑/添加原子 和 编辑/添加片段 允许从单个原子或分子片段（基团等）构建新的分子。提供了编辑标准片段集并补充自定义片段的可能性（ 编辑/添加选定的片段到数据库 ）。键Ctrl+C，Ctrl+V提供通过剪贴板传送片段（例如，将一个基团从一个分子复制到另一个分子）。 如果将一个基因片段从一个位点复制到另一个位点，则要选择的第一个原子与外部分子连接。请参阅使用分子片段获取更多详细信息。 使用分子渲染可能性： 显示的图像可以保存为文件（ 文件/保存图像 菜单项）或复制到剪贴板（ 编辑/复制页面 菜单项或按钮）。 菜单 显示 允许选择分子呈现的图形方案。每个方案都由一组参数定义，例如单个原子和键的尺寸和颜色，照明参数等。 显示/自定义 菜单项允许更改当前方案中的参数。 通过双击原子和键，可以在原子和键上显示各种样式的不同标签，也可以使用 查看/标记原子 菜单项或按钮，以及进一步。Chemcraft还允许在 辅助指定 面板上添加额外的标签和线条，并通过按钮启用（位于底部）。有关更详细的说明，请参阅获取发布就绪图片。 分子轨道的可视化： Chemcraft从输出文件中提取分子轨道系数表，可以以等值面或彩色图形的形式对其进行可视化。该程序可以读取GAMESS/Gaussian输出文件和高斯检查点文件（.chk，.fch）中的轨道，以及GaussianCube文件和ADFASCIITAPE41文件中的计算地图。对于高斯计算，应在输入文件中指定 #PGFINPUTPOP（FULL） ，以便将轨道和基本集信息打印在输出文件中。 为了可视化轨道，应打开一个输出文件并选择 工具/轨道/渲染分子轨道 菜单项，或者选择左侧列表中的一个项目（例如 优化几何体 ）并按下 工具 按钮（列表下方），然后 渲染分子轨道 。在出现的窗口中应该选择所需的轨道并按下 确定 。然后在左边的列表中选择所需的轨道并按下 显示等值面 （在 值 文本框中指定值的等值面将出现）或 显示映射的平面 （颜色平面将出现颜色从蓝色到红色对应到 值范围 文本框中的值）。按钮 平面位置 允许修改渲染平面的位置和方向。对于反对称轨道，应该按下 双签 按钮。可以使用 保持这个表面 和 全部删除 按钮来获取图片中的多个等值面。有关更多详细信息，请参阅使用多维数据集。 特殊工具： 通过点击当前结构中的原子并指定一些附加信息（例如，当前参数是角度还是二面角）， Tools/BuildZ-matrix/ 菜单项允许获得文本格式的Z矩阵。在使用该实用程序之前，应该先以笛卡尔坐标获得分子的结构。有关更多详情，请参阅此处。 工具/创建输入文件/GAMESS-US 菜单项允许快速获得带有非标准基本集的GAMESS-US输入文件的一部分。$DATA，$ECP部分是根据文本格式的基本集的描述创建的，可以在PNNL的基本集定单表单网页（http://www.emsl.pnl.gov/forms/basisform.html）中获取。 Chemcraft提供了从文件中读取GAMESS/Gaussian输入格式分子轨道的可能性，它可以用作新计算的初始猜测（ 工具/轨道/转化轨道到输入格式/ 菜单项或 工具/在左边的DataExplorer中将轨道转换为输入格式 项）。