Chemcraft软件教程之中文教程 本地化服务

来自 : it.b2b168.com/s168-1550483...h 发布时间：2021-03-25

Chemcraft 量子化学计算的图形软件
Chemcraft包含一组便于量子化计算的图形工具。它提供了方便的实用程序，有助于准备新的工作来计算和分析计算结果。其主要功能是对量子化学包生成的输出文件的可视化。主要支持的软件包是Gamess（美国版本和PCGamess）和Gaussian94-09。
绘制具有不同显示方案和不同标签样式的分子的例子
创建动画效果
Chemcraft的Windows版本可以保存多个位图文件或动画GIF文件形式的分子动画图片。下面的动画类型提供：分子旋转的动画、振动频率和PES扫描的动画。
Chemcraft for ADF users
Chemcraft reads ADF output files, ASCII TAPE21 files and ASCII TAPE41 files. At the moment the visualization of ADF output files is not as comprehensive as the visualization of GAMESS or Gaussian files: extraction of energies, visualization of dipole moment and some atomic properties is provided, but no molecular orbitals visualization, etc.

Chemcraft从NMR计算（GIAO,CSGT）的Gaussian日志文件中读取各向同性屏蔽值。提供了一种简单的工具，用于将它们重新描述成化学位移和在原子组内的平均值。
Chemcraft对于ADF用户
Chemcraft读取ADF输出文件、ASCII TAPE21文件和ASCII TAPE41文件。目前，ADF输出文件的可视化不如GAMESS或Gaussian文件的可视化那样全面：提供了能量的提取、偶极矩的可视化和一些原子性质，但没有分子轨道可视化等。
与其他格式一起工作
除了Gamess-US, Gaussian 和ADF文件，Chemcraft可以读取NWChem、Jaguar、Oraca、Dalton、GAMESE-UK、Turbomole、MMOPRO和QChem输出文件、HyperChem文件、MSI或PDB格式的文件（这些格式未被全面支持）和MolDraw and Priroda程序格式、NBO格式（.31-.40文件）、Molden文件、MFJ、SDF和Tinker、Crystal文件、VASP和Shellx文件、晶体学CIF文件和简单的文本文件与原子的Cartesian坐标。Chemcraft提供了一个通过剪贴板导入/导出文本格式的原子坐标的接口，这有助于使用任何类型的计算数据。将原子坐标导出到剪贴板中对于快速创建输入文件也是有用的。Chemcraft包含一个分数坐标转换的功能，用于晶体学测量和Cartesian，反之亦然，用于单元参数（a,b,c等）。
The program provides structured presentation of output files. The file being read is divided into separate elements, such as individual geometries or vibrational modes. For each element all available data is extracted from the file: atomic coordinates, energy gradient, etc. All elements are presented in hierarchical list (see fig. 1). Clicking on the elements of the list automatically displays individual geometries or modes on the image and allows different properties to be visualized. This interface provides reliable visualization of computational data, including non-standard types of calculation, incomplete calculations, etc. It also allows complicated files with multiple calculation jobs to be visualized. For energy scan or IRC calculations, all geometries are divided into groups by scan/IRC steps. Besides graphical presentation of data, Chemcraft outlines the most essential parts of output file and shows a brief \"abstract\" for each element of the file.

分子结构合并
Chemcraft支持一组用于构造分子结构的工具，这些工具可用于准备计算或其他目的的初始猜测。
合并多个结构
在使用该实用程序之前，应该选择几个原子以大程度地彼此靠近（图9这些原子标记为白色）。除了这个特性，Chemcraft还可以计算两个分子之间的均方根差值。
分子绘制的可能性
Chemcraft生成高质量的32位分子图像。它被设计成一个用于创建发布就绪图像的程序，不需要任何额外的修改。图片可以很容易地在原子/键和附加对象，如标签和线条。Chemcraft包含一个标准显示方案的集合。每个方案代表一组定义分子外观的参数：照明参数、单个原子和键的颜色和大小等。图10说明了四种集合方案。Chemcraft允许用户更改单个方案的参数，或者将自己的方案添加到集合中。Chemcraft的图形引擎不需要任何图形加速或额外的图形库。被很好的优化并提供，并提供高渲染速度，即使在过时的电脑。
Chemcraft for Gaussian users
We recommend to type #P GFINPUT POP(FULL, NBO) in Gaussian input files for visualization of Gaussian outputs via Chemcraft. #P option enables extended printout; GFINPUT option enables printout of basis set information (description of primitives in basis set), while POP(FULL) enables printout of all molecular orbitals coefficients (POP(REGULAR) can be also used). The latter two keywords allow Chemcraft to visualize molecular orbitals. POP(NBO) enables printout of Natural Bond Orbitals analysis, in which the bonds in the molecule are computed. All these keywords are advisable but not necessary. As for GAMESS files, different data from the file can be visualized: forces

偶极矩可视为指针；
MO能量可以以数字形式显示。

Chencraft支持一组用于构造分子结构的工具，这些工具可用于准备计算或其他目的的初始猜测：
Ÿ 从标准分子片段（自由基等）中构建分子，提供了通过自定义剪贴板来补充该片段集并通过剪贴板复制/粘贴单个片段的可能性；

-/gjiiih/-